Através do Decreto-Lei nº 56/2006, foi definido a Natureza, a Missão e Atribuições da Inspecção Geral de Finanças. Mas antes, através do Decreto-Lei nº 16/2000, de 28 de Dezembro, quando se definiu a nova orgânica do Ministério do Plano e Finanças, foi definido também a missão e as competências genéricas da IGF, conferindo-lhe um papel preponderante na Administração Pública, e da Administração Financeira do Estado, em particular, enquanto órgão superior de controlo financeiro das contas do Estado, e de apoio técnico especializado ao Ministério do Plano e Finanças. 

Da sua Natureza e Missão, conforme, o Artigo 1º do capítulo I, a Inspecção-Geral das Finanças é um serviço central de controlo financeiro do Ministério do Plano e Finanças, funcionando na directa dependência do Ministro.

No âmbito e actuação, conforme o artigo 2º, abrange as entidades do sector público, administrativo e empresarial e as entidades do sector privado, incluindo o cooperativo, quando sejam sujeitas as relações financeiras ou tributárias com o Estado, ou quando se mostre indispensável ao controlo indirecto de quaisquer entidades abrangidas pela sua acção.

No âmbito das Atribuições, conforme o Artigo 3º, incumbe a IGF, como serviço central do controlo financeiro do Estado, exercer o controlo nos domínios orçamental, económico, financeiro e patrimonial, visando a legalidade, a regularidade, bem como a economia, a eficiência e a eficácia na cobrança e na aquisição das receitas e na realização das despesas públicas, competindo-lhe designadamente:

1. Realizar auditorias, inspecções, averiguações, inquéritos, sindicâncias, exames e outras acções de controlo de natureza económico-financeira, contabilista e fiscal às entidades públicas e semi-públicas e participadas, incluídas no âmbito da sua actuação;

2. Formular, no âmbito das auditorias e outros trabalhos que realize, propostas de melhoria da organização, funcionamento e gestão das entidades objecto da intervenção, visando, designadamente, a implementação de sistemas de controlo interno fiáveis, bem como acompanhar a respectiva implementação;

3. Dar parecer sobre os documentos de prestação de contas das entidades do sector público empresarial, nos casos legalmente previstos ou determinados superiormente;

4. Propor a instauração de processos disciplinares por infracções previstas nos termos do presente diploma orgânico e nos termos do estatuto em vigor;

5. Requerer o arresto, o arrolamento ou outras providências cautelares não especificadas, para prevenir perigo de lesão substancial de interesses financeiros da Administração Pública ou do interesse público;

6. Assegurar a articulação com as entidades congéneres nacionais e estrangeiras;

7. Exercer outras funções que lhe sejam legalmente cometidas ou determinadas superiormente.